当支付协议到期时，申请人发现被执行人有存款

当支付协议到期，申请人发现被执行人有存款并向法院申请冻结时，法院在两种情况下可以合法冻结被执行人的存款：一是进行诉前保全或诉讼保全，依据《民事诉讼法》的相关规定，原告提出申请并提供担保后，法院有权冻结被告的存款；二是执行阶段，依据生效的法律文书，申请执行人可申请法院冻结被执行人的存款。若认为冻结行为违法，被执行人可依据《民事诉讼法》提出复议或执行异议。
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若被执行人对法院的冻结行为有异议，可根据不同情况采取以下措施：一是若属于保全冻结，被执行人可依据《民事诉讼法》的规定提出复议申请；二是若属于执行中的冻结，被执行人可提出案外人异议或执行异议，通过法定程序维护自身权益。
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从法律角度，法院冻结被执行人存款的程序包括：申请人向法院提出申请，并提供生效的法律文书及被执行人有存款的证据；法院审查申请后，认为符合条件的，作出冻结裁定；执行人员根据裁定，向金融机构发出协助执行通知书，金融机构协助法院冻结被执行人的存款。整个过程中，法院需确保程序合法，保障被执行人的合法权益。